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TCGA的一篇五分文章
利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载,不过,有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错,可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中: 矩阵文件的基本命名格式...
在刚开始按官网教程(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/)学习使用blast时,经常会遇到程序报错
BLAST+是使用非常广泛的序列比对软件,有NCBI提供
之前在做dcaps标记,开始只找到网站版的软件,后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline
准备好分析需要的文件,在GSEA官网下载分析软件(软件可以免费下载,需要配置java环境)就可以进行GSEA分析。 打开分析软件,第一步是载入数据,如下图所示,点击红箭头指向的1出的Load data会...
转录因子在TCGA中的调控分析
转录因子的结合序列查找
文章投稿,除了文好当然还要“颜好”!在这个看脸的世界,为了给文章加分,各位老师学生也是做足功课了!但是不会编程敲代码?——那必须学学各种绘图小工具了。 热图是属于生命科学类型文章中非常...
列举了19个OrgDB,物种对应的全基因组注释R包,方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 物种 OrgDB 按蚊(Anopheles) org.Ag.eg.db 拟南芥(Arabidopsis) org.At.tair.db 牛(Brov...
快速绘制DNA Logo
biolinux共享目录创建及注意事项。
行数不同的数据读入R,批量去除NA,绘制韦恩图。
生物信息学 基因 ID 转换
Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。
R统计不同差异组合,上下调基因个数;并用ggplot2绘制柱状图。
统计相同ID出现的频率,并用ggplot绘制柱状图;
R语言,按数值范围统计频次,绘制柱状图
按范围统计数值分布,并用ggplot2绘制饼图;