GSEA法基因功能富集分析原理详解！
在组学大讲堂之前的一篇微信文章：关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？中，跟大家介绍了GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对...
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- landy
- 发布于 2018-06-25 18:16
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landy
搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）
搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-25 15:45
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omicsgene
TCGA和GEO套路文章解说
利用GEO数据TCGA数据筛选疾病相关标志分子，miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA等；
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-23 14:08
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microRNA
叶绿体基因做跨物种系统发育分析
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 16:01
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安生水
SNP2CAPS使用
SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl chr5D:9950377.fa_1 link_gcg AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII > chr5D:9950377.txt 其中...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 15:44
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merged.gtf 合并同一转录本的exon位置
在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00 Cufflinks exon 37990 38333 . + ...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 15:09
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如何将GEO芯片注释文件整理成GSEA能使用的芯片注释文件？
将GEO数据库中的注释文件整理成GSEA软件可以使用的芯片注释文件
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- landy
- 发布于 2018-06-22 15:01
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perl 中glob函数
perl中通过文件操作符glob提供相当于shell中的指定多个文件的“通配符”语法功能，文件操作符glob将返回与所指定的glob文件模式相匹配的所有文件的list。
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 14:29
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MEGA构建进化树遇到报错信息
最近又有人遇到mega构建进化树时报错，所以分享一下这个经验给大家。 Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-22 14:21
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聚合酶链式反应（PCR）
聚合酶链式反应，其英文Polymease Chain Reaction(PCR)是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使目的DNA得以迅速扩增,...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 14:00
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Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用
系统聚类Hierarchical clustering（层次聚类、谱系聚类）— 最短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心...
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-22 12:11
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Daitoue
计算串联重复基因KaKs的时候，aln文件一定要通过脚本转换为axt文件么？这两种文件格式是否可以直接通过修改扩展名来实现？
最近有关计算KaKs的输入文件，有人提出了问题，说是不是可以通过修改后缀名称aln变为axt来改变文件，变成软件可识别的格式？答案是不可以的，因为aln文件跟axt文件的格式是不一样的，因此只能通...
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- landy
- 发布于 2018-06-22 12:07
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浅谈几种常用的蛋白互作实验研究方法!
随着分子生物学研究方法的发展，很多的研究领域都越来越多的分析到了蛋白层面，下面我们就简单介绍几种常用的蛋白互作研究方法： 酵母双杂交： 酵母双杂交由Fields在1989年提出，它的产生...
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- landy
- 发布于 2018-06-22 10:18
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GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据
自己没有数据，或者科研经费较少或者紧张，科研实验还要继续，利用GEO数据库筛选分子再做后续分析不失为一种经济而又快速的方法。本文详细讲解如何利用GEO数据库在线工具分析差异基因筛选全过程。
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-21 17:31
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GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析
GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-21 17:19
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