GSEA分析需要的文件及格式
在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即...
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- landy
- 发布于 2018-06-14 15:11
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landy
绘制基因结构图软件GSDS使用过程中图片的修改问题
在使用GSSE绘制基因结构或者是顺势作用元件时，如果图例太多，在网页展示不出来，这个时候你需要对图片进行修改.增大背景画布就可以显示了，点击下图红色箭头所指按钮，进入到图片编辑界面: 拉...
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- landy
- 发布于 2018-06-14 14:48
- 阅读 ( 11442 )
microRNA
omicsgene
一个预测基因保守结构域网站
今天跟大家分享一个分析蛋白保守结构域的的网站： 网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 在上图的方框导入蛋白序列，点击submit，就开始运行，结果如下图所示： 这个网站不仅分析了蛋白的保...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 18:06
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分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较
在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 14:48
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安生水
fastq文件查看指定序列
在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难搜索到
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- 安生水
- 发布于 2018-06-08 11:48
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关于基因家族课程中基因在染色体上位置提取不到问题分析
网易云基因家族课程中，在提取基因在染色体上的位置信息使用到的是一个脚本，大家经常的遇到一个问题就是没有提取出来信息。 下面是可能存在的问题之一： 脚本在处理信息时与gff文件的匹...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 10:39
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如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol
AnnotationDbi 和 结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-07 18:30
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Daitoue
R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析
PCA(principal component analysis )主成分分析，可以分析样品之间相关性，确定样品总体上的差异，或者查看是否有批次效应等
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-04 15:21
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linux系统当中源码安装R，无root权限安装
1.安装zlib1.2.5版本及以上 cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix =/share/work/biosoft/zlib make make install 2.安装bzip cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz...
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-02 18:03
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