提取bam/sam文件指定区域reads
若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 ...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 09:34
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安生水
微生物多样性分析之Bray curtis距离
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 09:21
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NCBI检索叶绿体基因并快速下载
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。叶绿体基因组序列对于研究植物物种起源，进化演变及不同物种间的亲缘关系等具有重要意义。
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 08:52
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如何将SNP标记转化成可跑胶验证的CAPS标记
现如今，基于高通量测序得到的SNP信息无疑是海量的，然而SNP标记的验证却并不容易实现。其最好的验证方式是一代sanger测序，不过价格较高，而且通量低。如果SNP刚好位于酶切位点上，就可以将其转化为CAPS标记，利用跑胶的方式对其进行验证，既便宜又好用。
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 08:46
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omicsgene
给大家推荐两个预测植物顺势作用元件的网站
Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ PLACE 地址：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?lang=en&pj=640&action=page&pag...
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- landy
- 发布于 2018-05-17 17:29
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landy
Daitoue
blast序列比对中E值是什么意思？
E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了 E-value - this tells you the probability of getting this sco...
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- landy
- 发布于 2018-05-17 10:45
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生信老顽童
R语言包安装方法，设置国内镜像加快安装速度
R 在线安装包，设置全局镜像，以免镜像不好链接中断 local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) 或...
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-16 21:31
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遗传进化英文方法参考
Library preparation and Illumina sequencing Genomic DNA from each sample was prepared for libraries construction. The library preparations were sequenced by using an Illumina Hi...
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-16 21:23
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MCScanX 安装报错，支持64位系统
今天有学员问 MCScanX 安装问题，我试了下，果然有错误。 make报错： g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-16 21:20
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microRNA
