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Perl——正则表达式之贪婪模式和非贪婪模式
提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如果我们用蛋白质序列,能不能做主成分分析,如何做呢? 答案是可以做,让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~
DELL R430服务器用U盘安装Linux步骤
多样本转录组
基因组注释分析方法
HMMER ——hmmsearch 用法,参数
GATK4
提到主成分分析,一般我们都是使用Plink,GCTA等软件基于SNP数据来操作,那么如何用DNA序列做主成分分析呢? 思路是先比对,之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据,用到的函数是fasta2genlight(),再进行PCA分析及绘图。
qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错:
Biopython
GATK4
删掉文件其中一行,非常简单,不过如果一个文件很大以至于无法读到内存里,又该怎么操作呢 其实我们可以使用 open() 方法把需要修改的文件打开为两个文件,然后逐行读入内存,找到需要删除的行...
举个例子:从数据库中下载基因组数据,基因组.gff文件中染色体ID较为复杂(第一列) 从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写 想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名...
经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序,记录一下如何先按照染色体号排序,然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下:
使用plot画图的时候,只是设定xy轴范围仍然在0之前会有一小段多出来的范围 例如:plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用:xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如:plot(r...
HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法
mbol: g_settings_backend_get_type
notepad++显示所有字符(隐藏的回车换行空格)转换CRLF
合并文件