跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）
提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如果我们用蛋白质序列，能不能做主成分分析，如何做呢？ 答案是可以做，让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~
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- 星莓
- 发布于 2022-11-03 16:49
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星莓
omicsgene
生信阿姨
安生水
使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包
提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘图。
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- 星莓
- 发布于 2022-10-31 11:33
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python操作大文件删除某行
删掉文件其中一行，非常简单，不过如果一个文件很大以至于无法读到内存里，又该怎么操作呢 其实我们可以使用 open() 方法把需要修改的文件打开为两个文件，然后逐行读入内存，找到需要删除的行...
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- xun
- 发布于 2022-10-24 16:10
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xun
Perl方法对文档全文进行字符串对应替换
举个例子：从数据库中下载基因组数据，基因组.gff文件中染色体ID较为复杂（第一列） 从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写 想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名...
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- rzx
- 发布于 2022-10-24 14:38
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rzx
sort 按照染色体排序后按位置坐标排序
经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序，记录一下如何先按照染色体号排序，然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下：
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- 星莓
- 发布于 2022-10-24 09:55
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r绘图0不在原点的问题
使用plot画图的时候，只是设定xy轴范围仍然在0之前会有一小段多出来的范围 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用：xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如：plot(r...
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- xun
- 发布于 2022-10-21 17:29
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GeMoMa-1.9.jar 报错mbol: g_settings_backend_get_type
mbol: g_settings_backend_get_type
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- omicsgene
- 发布于 2022-10-19 15:19
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notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF
notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF
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- 生信阿姨
- 发布于 2022-10-19 09:42
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linux删除某用户下所有的进程命令
1. ps列出用户的pid，然后依次kill掉，比较繁琐 kill -9 `ps -uf username |awk '{ print $2 }'|grep -v PID` 或 ps -ef | grep username | awk '{ print $2 }' | xargs kill -9 2. pkill方...
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- 星莓
- 发布于 2022-10-14 10:21
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awk统计文件某列中某关键词出现次数
有时我们需要统计文件的某列中某些词出现的次数，可以在Linux下使用sort | uniq -c，那用awk怎么操作呢?
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- 星莓
- 发布于 2022-10-12 18:29
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