Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并
MA图主要应用在基因组数据可视化方面,实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据,现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下: M一般做Y轴...
GFF与GTF格式转换
相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧!
ggplot2分面设置facet_grid实现一页多图 facet_grid(facets, margins = FALSE, scales = "fixed", space = "fixed", shrink = TRUE, labeller = "label_value", as.table = TRUE, switch = N...
Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 融合基因的分析
ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x, axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x, axis....
Array::Utils ,perl中对两个数据取交集,并集 差集等等,union,intersect,diff等操作
趁着基因家族类文章还好发,赶紧发一篇吧!
介绍两个perl中的包,分别可以读取Excel的文件,包括2003 的xls文件,和2007的xlsx的文件。Spreadsheet::ParseExcel; Spreadsheet::ParseXLSX;
eclipse当中出现中文乱码解决办法
miRNA与靶基因相关性作图
在没有位置信息时,提取miRNA前后500bp的序列
pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3
除了利用Figtree等对进化树进行美化之外:两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!也有不少在线工具可以实现这项工作,譬如iTQL:http://itol.embl.de/ 进入网站主页之后,选择Upload进入数据上...
Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件 IsoSeq3 的安装
有时候我们需要得到序列的反向互补序列,可以用下面的脚本来批量处理序列。
Mapman除了对基因进行注释及表达数据可视化之外,还可以利用软件之际对多样品数据中注释到Mapmen通路的数据进行venn图绘制。主要操作过程如下: 从Experiments导入表达数据,具体参考文章:植物...
cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化
R语言对目录和文件的基本操作方法