推荐一个Mapman 本体查询的网站:GoMapman(http://www.gomapman.org/) 网站主要涉及了蛋白、代谢物以及sRNA在Mapman注释通路的查询。通过完整可以浏览具体的通路上可能会涉及那些基因,也可...
韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的大致关系。小编来介绍几种常用在线绘制韦恩图的工具,简单易学!
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借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵 安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...
搜索鉴定基因的保守结构域,应该用专门搜索基因的保守结构域工具CD-search,而不是简单的用blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域,对研究基因的功能是非常重要的,因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域!
2018年最新利用TCGA/GEO数据库挖掘文章列表
perl中的正则表达式
GFF3格式说明
MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件,在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候,大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。
我们作比对时经常用到blast,其比对结果一般都用m8格式(即参数是 -m 8,blast+是 -outfmt 6),但是结果文件中是没有表头的,这里来写一下。
TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析
clusterProfiler做非模式物种的功能注释
你可以对基因进行功能注释,分析其功能分类以及相关的通路信息,你也能分析基因的表达谱数据,但是你知道如何将二者进行结合吗?在功能分类或者通路图上显示出基因的表达数据?有一个工具可以做...
如何鉴定测序文库是不是链特异性
科研作图也需要会使用Adobe illustrator和Photoshop,用好了这两个软件也会使你的文章配图增色不少,甚至事半功倍。
配置JAVA环境,运行java程序
TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称
StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件,可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上(通过将代码发送到R)运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令
做转录组实验,发转录组文章,你不得不知道的20个基本知识点。
为了防止代码文件出现中文乱码,一般在Rstudio中,都要求将文件保存为UTF-8格式,同时打开显示也要求以UTF-8格式进行显示,相应的设置方法如下: 保存文件: 进入Tools——Global Options,选...