在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes(),其中提供的第二个参数不能有0,否则会报错: showSigOfNodes()拆分之后是: sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的 ...
cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system,通常是由于不适配的java版本
泛基因组可视化
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍,这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树(Phylogenetic tree)。 在Orthofinder结果文件中有一...
BAM就是SAM的二进制文件,具有更小的存储空间,并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比,Minimap2可以用于三代测序, 也支持 splicing awared 比对;与一些传统三代比对工具相比,Minimap2 速度非常快,...
linux使用ossutil下载阿里云数据
OrthoFinder 输出结果文件说明
最全进化树构建知识点大盘点
保姆式教程!手把手教你使用Simplot,绘制高大上的序列相似性图片
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NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件,以及获得细胞器基因组的全部基因名称
seqkit是一个序列处理神器,有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令,详细内容如下
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网...
STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析
R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败
GWAS模型介绍
GEMMA软件下载安装
cBioportal使用教程