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安生水
fastq文件查看指定序列
在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难搜索到
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- 安生水
- 发布于 2018-06-08 11:48
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linux系统当中源码安装R，无root权限安装
1.安装zlib1.2.5版本及以上 cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix =/share/work/biosoft/zlib make make install 2.安装bzip cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz...
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-02 18:03
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omicsgene
Perl读写Excel
生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件，是可以被Perl读取的，但遇到真的excel文件时，就不行了，这时候就需要使用模块 使用的模块为： Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::Writ...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-01 13:59
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Daitoue
linux系统中ls命令的常用用
ls命令是linux下最常用的命令。ls命令就是list的缩写,缺省下ls用来打印出当前目录的清单，如果ls指定其他目录，那么就会显示指定目录里的文件及文件夹清单。通过ls 命令不仅可以查看linux文件夹...
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- landy
- 发布于 2018-06-01 13:18
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landy
perl 读取文件中的科学计数数字
Perl读取文件中的科学计数法数字是是以字符串读取的，需要将其转化为小数，方法如下 use Math::BigFloat;my $i = new Math::BigFloat '1.931533e-01'; 这里用到了Math::BigFloat这个包，就...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-01 13:11
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GSEA分析需要的基因集Molecular Signatures Database是什么？
在作GSEA的分析时候需要提供一个预先定义好的基因集，用来评估基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用，那么基因集都包括哪些呢？ GSEA官网的基因集...
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- landy
- 发布于 2018-05-31 16:03
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Ka/Ks与进化选择压力
Ka/Ks表示的是非同义替换（Ka）和同义替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 同义/非同义突变概念 同义突变表示氨基酸没有改变，氨基酸没...
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- landy
- 发布于 2018-05-23 16:53
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smyang2018
