有时候我们需要从tar压缩文件夹中仅提取某个目标文件,如果对整个压缩文件进行解压的话,未免太占用空间和资源,我们可以使用如下命令进行操作
蛋白质比对结果快速分类taxid的c脚本
Linux命令处理文件合并
如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组,然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是否满足特定条件并进行过滤。
MITE属于II类非自主转座因子,可以使用MITE_Hunter进行检测,MITE_Hunter的运行一共有8步。 1. 报错信息 在运行第六步(-S 6)的时候出现报错: 2. 报错原因 发现第六步执行: 在MITE_...
“ 2024年6月Frontiers in immunology 杂志发表了一篇题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram mo...
基因组调研图有助于了解即将组装的这个物种的基因组复杂程度,为后续的正式的基因组组装去提供一些依据。基因组的复杂程度可以从基因组大小,倍性,杂合度,重复率等方面去进行评价。 用什么来...
SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...
执行降维分析的函数,umpa的时候报错 brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30) 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function '...
绘制全基因组甲基化图谱
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)
B细胞分类:
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-癌(NSCLC)(GSE127465)
biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...
单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌(HCC)(GSE149614)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)
当使用循环跑R函数的时候,如果其中某一次循环执行时报错,那么就会中断循环体,并在屏幕上打印出报错信息
甲基化水平如何计算
有的文章会在模块化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 library(ggforce) 主要是加了最后一行,的geom_mark_hull...