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MarkDuplicates 过程中报错：Value was put into PairInfoMap more than once

RNA-seq分析进行SNP calling之前会对bam文件进行一系列处理，包括排序、去重、将落在外显子上的reads分离出来，取出N错误碱基，在去重（MarkDup）过程中出现报错： 是由于fq文件中出现了两次...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-12-08 14:33
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好用的perl模块推荐

Path::Tiny 是一个专注于简洁性和便利性的 Perl 模块，用于处理文件和目录操作。以下是 Path::Tiny 的一些主要功能 1，目录相关 在perl 里很多人会使用 mkdir path unless(-d path); 来创建...

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  • xun
  • 发布于 2023-12-07 16:16
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docker配置国内源加速下载，linux版本

docker配置国内源加速下载，linux版本

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-07 11:14
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break报错

break报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-06 14:47
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微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-05 13:25
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Python模块导入的 路径索引

在使用python的时候经常需要调用库及module，有的时候分明已经import了，在运行的时候却收到 ModuleNotFoundError的报错。那么Python到底是从哪里、以什么样的顺序调用的呢？ 在Python中有内建...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-12-05 10:17
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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记录一个数据下载：GSE12417

geo_gene_exp_download.r

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-04 10:14
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库文件位置问题

      7 The following object is masked from ‘package:VennDiagram’:      8       9     ellipse     10      11 Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :      12   unable to l...

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  • xun
  • 发布于 2023-11-30 17:00
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shell变量使用注意事项

shell变量使用的一些既定规则和方法

quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败

quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-11-30 15:06
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
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diff比较两个文件的内容

diff比较两个文件的内容

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  • 安生水
  • 发布于 2023-11-28 11:21
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泌尿感染（UTIs）宏基因组分析

泌尿感染（UTIs）宏基因组分析

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-11-26 21:25
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circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性     bezier_radius=0r...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-22 11:41
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电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

我们电脑在无线网络连接的时候经常出现这样的情况： 方法一： 1. win + R 输入  service.msc，唤起任务管理器的服务界面   2. 找到这三个选项进行重启 方法二： 1. 右下角wifi选...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-11-22 10:13
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GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序

打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-16 14:49
  • 阅读 ( 1540 )

ggtree绘图lable显示不全如何调整

解决ggtree绘图lable显示不全的问题

Linux中给文件中的某列添加千位分隔符

Linux中给文件中的某列添加千位分隔符

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  • 安生水
  • 发布于 2023-11-16 13:56
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BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-16 13:49
  • 阅读 ( 1358 )