安生水
很大的压缩文件计算行数
这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-05-05 15:22
- 阅读 ( 762 )
xun
根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件
如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extrac...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-05-05 13:31
- 阅读 ( 856 )
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
基因组重复序列注释统计结果更新-buildRepeatSummary.pl
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2023-04-28 18:12
- 阅读 ( 1254 )
omicsgene
三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV
三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...
- 0
- 0
- 星莓
- 发布于 2023-04-28 14:14
- 阅读 ( 1866 )
星莓
使用Python jcvi 时遇到的报错 ，如：FileNotFoundError，如何解决
关于JCVI的使用，唐老师在github上已经有很详细的介绍，网络上也有很多教程。JCVI依赖的东西非常多，因此在使用时还是难免遇到各种问题，以在使用Python JCVI，遇到FileNotFoundError为例，...
- 0
- 0
- 生信阿姨
- 发布于 2023-04-18 11:35
- 阅读 ( 1063 )
生信阿姨
Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序
Linux常用命令shuf用于把输入行按随机顺序输出到标准输出。 具体用法如下： shuf命令会将final.bed文件中的所有行随机排序，-n选项设置显示前1000行。 常用参数有： 示例： 生成3个...
- 0
- 0
- 安生水
- 发布于 2023-04-17 10:09
- 阅读 ( 884 )
压缩或解压软链接文件，gzip或gunzip报错Too many levels of symbolic links
目录下有个软链接的文件，想对它进行压缩或者解压，但是却报错Too many levels of symbolic links
- 0
- 0
- 星莓
- 发布于 2023-04-14 15:20
- 阅读 ( 2317 )
rzx
gff文件格式不标准的修改脚本
gff文件第三列一般有gene，mRNA，CDS，exon等等信息，但是有时候我们下载的gff文件没有gene信息，只有mRNA等等的信息，我们可以实用脚本手动校正。
- 0
- 0
- 星莓
- 发布于 2023-04-07 16:02
- 阅读 ( 2552 )
解决Rstudio Server卡顿问题
在使用Rstudio Server出现卡顿，或者每次打开server都会加载之前的工作。 解决方法： 1. 清除工作区内项目信息 2. 在Termianal页面下删除session rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions...
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2023-04-07 15:39
- 阅读 ( 2695 )
