进化树中bootstrap值设置
Evolview这款在线软件在进化树修饰方面非常出色。在设置Bootstrap值的显示方式上也是非常的优秀。 设置方法 1.使用进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,(D:0.4,E:0.5)40:0.6)80:0.05)100:0.1)90:...
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- 安生水
- 发布于 2018-12-14 14:43
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安生水
microRNA
awk匹配替换gsub
awk中gsub可以进行匹配替换： gsub(A,B)在$0中利用B替换A gsub(A,B,C)在指定的C中用B替换A 以数据test为例（TAB分隔）： ABCD abcd HJIKEL AbDE SGWA 全部替换 A字符换成DA字...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-14 10:28
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Daitoue
perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序
perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序
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- omicsgene
- 发布于 2018-12-13 22:26
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omicsgene
Illumina microarray未标准化数据分布
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 17:23
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WGCNA筛选Biomarker
Biomarker有助于疾病诊断、判断疾病分期或者用来评价新药或新疗法在目标人群中的安全性及有效性。基于WGCNA，对疾病相关的基因表达数据构建网络，鉴定关键模块和hub基因，是筛选Biomarker的有效...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 16:24
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affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
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芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
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