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微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。
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- 发布于 2018-04-20 19:31
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排序分析PCA、PCoA、CA、NMDS、RDA、CCA等区别与联系
降维排序分析方法包括：PCA、PCOA、CA、DCA、NMDS、RDA、CCA等等还有很多，理解他们的区别与联系才能熟练运用。
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-29 13:00
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如何正确选择差异统计检验
对于科学问题，我们常常要找到差异，需要用到统计学检验，但是那么多统计学检验我该如何选择呢？
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-24 17:51
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做微生物研究必懂的OTU table相关知识
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。本文介绍OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-20 19:53
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beta多样性中的距离矩阵总结
距离矩阵差别：jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac（weighted/unweigted）
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-24 13:20
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微生物多样性分析之Bray curtis距离
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 09:21
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安生水
你不知道的微生物互作分析方法
16s测序数据除了进行常规的Alpha多样性分析，Beta多样性分析，以及PCA分析之外，还能做什么？
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- Daitoue
- 发布于 2018-04-20 19:07
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Daitoue
qiime2分类器的训练
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...
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- xun
- 发布于 2022-11-14 15:26
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xun
肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章
肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章
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- omicsgene
- 发布于 2020-12-01 15:59
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envfit()的线性拟合：非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）
非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）中被动拟合解释变量
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- omicsgene
- 发布于 2020-11-22 20:03
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