提取指定基因的fasta序列

简便好用的序列提取的perl脚本

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  • 安生水
  • 发布于 2018-07-27 09:31
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perl对文件夹处理

用perl批量处理文件夹下所有文件 opendir()获取目录权柄;readdir()读取目录下文件 #!/usr/bin/perl -w $dirname = "/tmp";         #指定一个目录 opendir ( DIR, $dirname ) || die...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-24 16:15
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Perl 入门 之 context 标量上下文与列表上下文

Perl 入门 之 context 标量上下文与列表上下文

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-12-24 16:47
  • 阅读 ( 3140 )

Perl 子程序(函数)

Perl 子程序(函数)

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-01-14 15:42
  • 阅读 ( 2769 )

GFF中提取所有转录本的位置信息,以及对应的基因ID信息;

提取基因的转录本信息,以及对应的基因ID;

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-12-13 22:33
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提取基因组所有基因的启动子序列

有时候们会需要基因的启动子序列,这里有脚本可以提取基因组所有基因的启动子序列。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-29 12:56
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bioperl处理fasta和fastq序列截取反向互补翻译等等

截取,反向互补,读入,写出,筛选等

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-08 15:30
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Perl去除一个数组中的重复元素

Perl去除一个数组中的重复元素

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-09 16:32
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perl中判断数组中是否含有某个元素

perl中判断数组中是否含有某个元素

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-12-30 15:17
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从gff文件当中提取对应转录本ID的基因结构信息用于GSDS绘制结构图脚本更新

get_gene_exon_from_gff.pl 脚本更新,

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-03-15 13:34
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提取合并基因家族的domain序列

提取合并基因家族的domain序列

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  • 安生水
  • 发布于 2019-02-15 13:27
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Perl 包和模块

Perl 包和模块

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-01-14 16:46
  • 阅读 ( 2155 )

Perl 变量命名规则

perl中变量命名规则

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-12-24 15:00
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perl中q,qq,qw的区别

perl中q,qq,qw的区别

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  • 安生水
  • 发布于 2018-08-31 14:28
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从MEGA进化树分析结果nwk文件提取基因ID

从nwk文件中提取基因ID

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  • 安生水
  • 发布于 2018-07-27 14:38
  • 阅读 ( 9163 )

perl 从数组随机抽取元素

perl中如何随机抽取数组中的一个元素。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-07-13 13:51
  • 阅读 ( 6017 )

ActivePerl自带的PPM软件无响应

ActivePerl安装perl模块

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-09 16:41
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perl 中glob函数

perl中通过文件操作符glob提供相当于shell中的指定多个文件的“通配符”语法功能,文件操作符glob将返回与所指定的glob文件模式相匹配的所有文件的list。

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-22 14:29
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Perl提取染色体序列指定范围的基因序列

Perl提取指定位置的基因序列用到 substr 函数,用法: $gene = substr( $fasta,$start-1, $end - $start+1); 其中$fasta是总的序列;$start是提取序列的开始位置,由于Perl字符串是从0计数的...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-09 16:27
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怎么用Perl脚本得到反向互补序列

怎么用Perl脚本得到反向互补序列

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  • 安生水
  • 发布于 2018-05-09 15:51
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