omicsgene
安生水
Muscle 进行多序列比对
MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。
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- 安生水
- 发布于 2018-07-20 11:53
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blast比对结果说明
我们作比对时经常用到blast，其比对结果一般都用m8格式（即参数是 -m 8，blast+是 -outfmt 6），但是结果文件中是没有表头的，这里来写一下。
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- 安生水
- 发布于 2018-07-20 11:13
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microRNA
植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman
你可以对基因进行功能注释，分析其功能分类以及相关的通路信息，你也能分析基因的表达谱数据，但是你知道如何将二者进行结合吗？在功能分类或者通路图上显示出基因的表达数据？有一个工具可以做...
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- Daitoue
- 发布于 2018-07-20 09:18
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Daitoue
科研作图也需要会使用Adobe illustrator和Photoshop
科研作图也需要会使用Adobe illustrator和Photoshop，用好了这两个软件也会使你的文章配图增色不少，甚至事半功倍。
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- omicsgene
- 发布于 2018-07-19 11:47
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eclipse当中R插件StatET安装
StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件，可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上（通过将代码发送到R）运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令
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- omicsgene
- 发布于 2018-07-18 16:19
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生信老顽童
Rstudio 防止中文乱码（保存与显示）
为了防止代码文件出现中文乱码，一般在Rstudio中，都要求将文件保存为UTF-8格式，同时打开显示也要求以UTF-8格式进行显示，相应的设置方法如下： 保存文件： 进入Tools——Global Options，选...
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- Daitoue
- 发布于 2018-07-17 11:57
- 阅读 ( 19768 )
删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）
在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的...
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- Daitoue
- 发布于 2018-07-16 18:05
- 阅读 ( 10368 )
关于Cytoscape利用蛋白质互作网络分析info文件绘制网络图过程中节点String_id转换成GeneID 或者Symbol问题
有学员反映在学习GEO芯片数据挖掘，进行利用差异基因进行蛋白质互作网络分析的过程中，获得的info文件中之涉及了String_id，利用Cytoscape进行绘图的过程中无法知道对应的具体基因ID是什么...
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- Daitoue
- 发布于 2018-07-16 10:26
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ggplot2 绘图 离散型颜色选择 ColorBrewer
利用ggplot2绘图 scale_fill_brewer() 或者scale_color_brewer() 会使用到ColorBrewer 配色。可以利用相关的命令查看改配色方案。 library(ggplot2)RColorBrewer::display.brewer.all() 通...
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- Daitoue
- 发布于 2018-07-13 16:53
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从Windows粘贴到linux的内容行尾会有东西？
将Windows中该文件的内容粘贴复制到linux文件中，用perl读取并保存到哈希中，然后读取另一文件的第一行，判断他第一列的内容是否在上一个文件中存在，结果总是不存在，然而明明就在啊，怎么会不存在呢，一遍遍检查代码也找不到问题。到底为什么呢？
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- 安生水
- 发布于 2018-07-13 15:14
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在线版fimo程序做转录因子结合位点预测
meme软件中的fimo程序可以查找指定序列中的motif结合位点，这里介绍一下他的在线版用法。
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- 安生水
- 发布于 2018-07-13 14:27
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