R处理大数据时内存out of memory的问题
R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题，相关解决方法： 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况（MB） 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-29 13:16
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Daitoue
安生水
microRNA
你了解SAM和BAM文件吗
当我们测序得到的fastq文件map到基因组之后，会得到一个以SAM或Bam为扩展名的文件。这里将详细介绍SAM和Bam文件！
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- 安生水
- 发布于 2018-06-29 09:33
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统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计
处理统计RNA-seq 表达量数据，绘制柱状图，PCA散点图，还有不同样品表达基因维恩图。
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-28 23:52
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omicsgene
微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial
基于微生物16s测序数据中的OTU丰度矩阵可以进行微生物互作网络构建，从而探索微生物之间的互作关系。而网络的构建方法多种多样，下面给大家推荐一个网站，Microbial association network constr...
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-28 22:18
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转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？
差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。 首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 16:33
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landy
转录组差异基因为什么要进行聚类分析？
聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式，将表达模式相同或相近的基因聚集成类，进而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，这些同类基因可能具有相似的功能，共同参...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 16:28
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转录组测序样品间的相关性有何意义？如何计算?
样品间的相关性反应了样品间的相似程度，即不同处理或组织的样品在表达水平方面的相似度。相关系数越 接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因也越少。生物学重复间的样品的相关系数...
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- landy
- 发布于 2018-06-28 14:02
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Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后，如何筛选新转录本？
GTF文件中class code 注释转录本的类型
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- microRNA
- 发布于 2018-06-28 09:51
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endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献
endnote 文献插入出现大括号，不自动更新解决办法
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-27 17:53
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GSEA法基因功能富集分析原理详解！
在组学大讲堂之前的一篇微信文章：关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？中，跟大家介绍了GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对...
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- landy
- 发布于 2018-06-25 18:16
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搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）
搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-25 15:45
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TCGA和GEO套路文章解说
利用GEO数据TCGA数据筛选疾病相关标志分子，miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA等；
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-23 14:08
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叶绿体基因做跨物种系统发育分析
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 16:01
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SNP2CAPS使用
SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl chr5D:9950377.fa_1 link_gcg AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII > chr5D:9950377.txt 其中...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-22 15:44
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