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从GTF中提取lncRNA的编号和名称

从GTF文件中提取lncRNA对应的ID和名称

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  • microRNA
  • 发布于 2018-06-08 17:28
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bioperl处理fasta和fastq序列截取反向互补翻译等等

截取，反向互补，读入，写出，筛选等

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-08 15:30
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分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较

在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要...

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  • landy
  • 发布于 2018-06-08 14:48
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绘制类似于箱线图的散点图

使用R语言绘制类似于箱线图的散点图

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-08 12:06
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fastq文件查看指定序列

在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难搜索到

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-08 11:48
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关于基因家族课程中基因在染色体上位置提取不到问题分析

网易云基因家族课程中，在提取基因在染色体上的位置信息使用到的是一个脚本，大家经常的遇到一个问题就是没有提取出来信息。 下面是可能存在的问题之一： 脚本在处理信息时与gff文件的匹...

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  • landy
  • 发布于 2018-06-08 10:39
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TCGA数据进行多因素生存分析

TCGA数据进行多因素的生成分析

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  • microRNA
  • 发布于 2018-06-08 10:09
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TCGA数据单因素cox生存分析

TCGA 表达数据进行单因素生存分析

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  • microRNA
  • 发布于 2018-06-08 10:02
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如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

AnnotationDbi 和 结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-07 18:30
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subset提取符合条件的数据

利用subset针对数据框按照条件进行判断和筛选数据

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-06 21:06
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Split划分数据

在R中利用split，借助数据的分类类型，对数据进行分组

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-06 20:40
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Bio-Linux中的生物信息学软件

Bio-Linux中有很多安装的生物信息学软件，这里给大家列举一下：

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-06 17:49
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R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析

PCA(principal component analysis )主成分分析，可以分析样品之间相关性，确定样品总体上的差异，或者查看是否有批次效应等

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-04 15:21
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linux系统当中源码安装R，无root权限安装

1.安装zlib1.2.5版本及以上 cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix =/share/work/biosoft/zlib make make install 2.安装bzip cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz...

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-02 18:03
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用R做蛋白互作分析

采用R包STRINGdb 来进行蛋白互作网络分析

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  • microRNA
  • 发布于 2018-06-01 16:49
  • 阅读 ( 7001 )

igraph 包安装错误

Igraph软件安装错误

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-06-01 16:12
  • 阅读 ( 7350 )

Perl读写Excel

生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件，是可以被Perl读取的，但遇到真的excel文件时，就不行了，这时候就需要使用模块 使用的模块为： Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::Writ...

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  • 安生水
  • 发布于 2018-06-01 13:59
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R-对NA 数据进行处理

对数据中存在的NA情况进行处理，替换或者删除

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-01 13:54
  • 阅读 ( 2567 )

转录组分析基因注释常用的数据库

转录组分析常用数据库

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  • landy
  • 发布于 2018-06-01 13:42
  • 阅读 ( 12850 )

linux系统中ls命令的常用用

ls命令是linux下最常用的命令。ls命令就是list的缩写,缺省下ls用来打印出当前目录的清单，如果ls指定其他目录，那么就会显示指定目录里的文件及文件夹清单。通过ls 命令不仅可以查看linux文件夹...

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  • landy
  • 发布于 2018-06-01 13:18
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