trimAL | 多序列比对中剪切掉不保守部分的参数

在生信分析时,经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中,一些不保守的列,我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析,比如构建进化树,进化树的构建会容易很多。 剪切序列时有一个非常好用的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-12-13 10:51
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InterProScan-蛋白质预测

InterProScan是InterPro数据库提供给用户的一个软件包,通过集成数据库鉴定蛋白质功能、所属的家族及其包含的结构域和位点

MarkDuplicates 过程中报错:Value was put into PairInfoMap more than once

RNA-seq分析进行SNP calling之前会对bam文件进行一系列处理,包括排序、去重、将落在外显子上的reads分离出来,取出N错误碱基,在去重(MarkDup)过程中出现报错: 是由于fq文件中出现了两次...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-12-08 14:33
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好用的perl模块推荐

Path::Tiny 是一个专注于简洁性和便利性的 Perl 模块,用于处理文件和目录操作。以下是 Path::Tiny 的一些主要功能 1,目录相关 在perl 里很多人会使用 mkdir path unless(-d path); 来创建...

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  • xun
  • 发布于 2023-12-07 16:16
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docker配置国内源加速下载,linux版本

docker配置国内源加速下载,linux版本

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-07 11:14
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break报错

break报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-12-06 14:47
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微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-05 13:25
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Python模块导入的 路径索引

在使用python的时候经常需要调用库及module,有的时候分明已经import了,在运行的时候却收到 ModuleNotFoundError的报错。那么Python到底是从哪里、以什么样的顺序调用的呢? 在Python中有内建...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-12-05 10:17
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vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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记录一个数据下载:GSE12417

geo_gene_exp_download.r

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-12-04 10:14
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库文件位置问题

      7 The following object is masked from ‘package:VennDiagram’:      8       9     ellipse     10      11 Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :      12   unable to l...

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  • xun
  • 发布于 2023-11-30 17:00
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shell变量使用注意事项

shell变量使用的一些既定规则和方法

quota 显示的space 与du显示的不一致,导致文件上传失败

quota 显示的space 与du显示的不一致,导致文件上传失败

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-11-30 15:06
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叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 11:45
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
  • 阅读 ( 2227 )

diff比较两个文件的内容

diff比较两个文件的内容

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  • 安生水
  • 发布于 2023-11-28 11:21
  • 阅读 ( 1145 )

泌尿感染(UTIs)宏基因组分析

泌尿感染(UTIs)宏基因组分析

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-11-26 21:25
  • 阅读 ( 880 )

cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system

cytoscape安装报错:No JVM could be found on your system,通常是由于不适配的java版本

circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数: <link> #全基因组共线性     bezier_radius=0r...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-22 11:41
  • 阅读 ( 1529 )

电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

我们电脑在无线网络连接的时候经常出现这样的情况: 方法一: 1. win + R 输入  service.msc,唤起任务管理器的服务界面   2. 找到这三个选项进行重启 方法二: 1. 右下角wifi选...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-11-22 10:13
  • 阅读 ( 1153 )