转录组的3种分析模式
转录组分析的3种模式及分析流程
经常有学员询问，如何分析转录组的数据，首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。
转录组分析模式
基于是否有参考基因组，是否分析新的转录本，转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型，如下图：
1. 有参，新转录本发现
针对有参考基因组的物种，需要发现新的转录本，比如：基因注释信息不完善的物种，需要完善基因注释信息或需要分析一些非编码RNA。 其分析步骤如下：
- Reads与基因组比对
- 基于比对信息组装转录本
- 基因或转录本表达定量
- 差异分析和功能富集分析
2. 有参，只分析已知的基因或转录本
针对有参考基因组和详细基因注释信息的物种，比如人，小鼠，拟南芥等，如果只是分析已知的基因或转录本，可以直接基于转录本序列，进行表达定量和差异分析，其分析步骤如下：
- Reads与转录本序列进行比对
- 转录本表达定量
- 差异分析和功能富集分析
3. 无参考转录组
针对没有参考基因组的物种，或者基因组组装不好的物种，需要先基于测序数据，组装一套转录本，再基于转录本进行分析。其分析步骤如下：
- Reads denovo组装转录本序列
- Reads 回比组装好的转录本序列
- 转录本表达定量
- 差异表达分析和功能分析
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- 发表于 2018-05-13 22:01
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- 分类：转录组
