SNP检测Massarray法怎么样?中高通量大样本适用吗?

SNP作为第三代遗传标记,分布非常广泛,在遗传分析,疾病诊治,分子育种和种群生态评估等诸多领域有十分重要的意义。

SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。

SNP作为第三代遗传标记,分布非常广泛,在遗传分析,疾病诊治,分子育种和种群生态评估等诸多领域有十分重要的意义。

进行SNP检测的方法有很多,如直接测序法、taqman探针法、massarray法、芯片法、高分辨率熔解曲线法、KASP法等。

如果要对tens or hundreds的SNP位点在hundreds or thousands样本中进行检测,比如临床上指导用药相关SNP的检测(伴随诊断)、科研中对有限数量SNP的相关研究、潜在诊疗疾病相关SNP的大量样本验证等等,那么我们推荐你使用——massarray法!

massarray法是利用桌面式质谱仪来进行检测,具有检测成本低、周期短、灵活、实验操作和数据分析简单等特点,是中高通量靶点检测实验室的最佳选择。该技术目前已在全球范围内得到广泛应用,覆盖药物基因组学、遗传性疾病、肿瘤及液体活检、传染性疾病等各个领域。

检测原理

massarray法基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight, MALDI-TOF),该技术完美地整合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量和质谱技术的高精确度,是目前唯一应用质谱直接检测SNP的技术平台。

d62db9abc772424985148f41a01436ef.png

massarray法的优势

相对于其它SNP检测方法,massarray法的优势有很多:

1)靠谱准确

PCR+质谱,原理经典简单,仪器稳定灵敏,检测标的为质量变化,比基于碱基互补配对的探针杂交、基于溶解曲线的HRM检测标的更加绝对,原理更加坚实,结论更加可靠。

2)更灵敏

可以检测5%的SNP,够用。基于PCR+Sanger测序的检测方法难以达到。

3)对序列要求低

这点主要是与基于限制性内切酶的PCR-RFLP对比来的。

4)通量高

对比单次反应检测一个SNP位点的Sanger测序和ARMS-PCR、受限于荧光通道的探针杂交和ARMS-PCR,单管检测40个SNP的massarray通量够高。

5)速度快

单管检测仅需几秒。

6)性价比高

NGS当然可以检测SNP,但每个样本仅检测几十到上百的SNP位点,且样本量在百千数量级,从数据冗余、时间和金钱方面来看,NGS的性价比都太低!

7)更灵活

NGS必须凑够样本数量才能充分利用每次上机得到的数据量,从数据量角度,Massarray没有单次检测的最低样本数要求。

除此之外,massarray法也有一定的缺点:

1,需要特殊的仪器设备;

2,不能检测未知的突变;

3,每次检测样本和位点数有一定要求。

所以,massarray法适用于有相关仪器的实验室,或者大量样本同时进行多位点分型检测,如果你的实验室没有相关仪器,或者处理不了大量样本怎么办呢?

推荐——巴菲尔SNP检测服务

根据您对检测通量的不同需求,巴菲尔可提供高度准确和可重复的massarray系统技术服务,只需要您提供详细的SNP位点信息,巴菲尔生物将提供标准的实验流程报告及SNP实验结果分析报告,让您的实验全程无忧。

除此之外,巴菲尔生物还可提供直接测序法、taqman探针法等多种SNP检测检测方法,并且还可以根据您提供的待测位点信息、样本数量等推荐合适的方法进行检测。巴菲尔拥有近10年的科研技术服务经历,在生物技术服务方面有着多年的经验积累和技术保障,大家可以完全放心。

学霸姐姐只能帮你到这里了,剩下的就靠你自己了~

18ce132348f1465c9957e6ec8f575eaa.jpeg

生物女学霸,一个自称学霸其实很渣的生物汪,
努力将有趣的、有用的、有血有肉的科研那些事儿呈现给大家,
关注一个好不啦~
  • 发表于 2019-09-07 15:29
  • 阅读 ( 3820 )
  • 分类:实验相关

0 条评论

请先 登录 后评论
生物女学霸
生物女学霸

生物专业

120 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 80 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章