trinity概览
Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。
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trinity概览
Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。
trinity的下载与安装
trinity最新版本是v2.8.5 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
解压：tar -zxvf Trinity-v2.8.5.tar.gz
cd trinityrnaseq-Trinity-v2.8.5
编译：make
注意：trinity需要3.1以上版本的CMake ，记得将CMake更新成最新版本，并添加到环境变量中。
trinity的使用方法
命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6
几个重要参数介绍：
–seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa
–JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数，由–max_memory代替 组装过程中，jellyfish这一步是最耗费资源的一步 所以这个内存主要由jellyfish控制
如果是双端测序：–left为read1 --right为read2 多个样品的reads由逗号隔开，不允许出现空格 但是老版本如r20131110版 reads是由空格隔开，具体看不同版本的trinity的帮助文档
如果是单端测序 参数为 --single 加上文件 多个样品的reads由逗号隔开，不允许出现空格
–CPU 软件所用线程
–SS_lib_type RF 链特异性文库需要加上这个参数
–no_run_butterfly 不进行butterfly步骤，在Chrysalis这一步完成后中断
–no_run_quantifygraph 不进行quantifygraph这一步
–output trinity的输出文件夹
–no_version_check 不汇报版本信息
注：trinity支持分步骤运行，但我认为必要性不大，因为分步运行的原因在于避免中途发生错误，但是trinity会自动检测之前输入，如果中途发生报错，进行修改之后，再次投递，会按照原输出继续跑，不会对之前结果进行覆盖
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