pheatmap 绘图出现报错信息类似:
Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)
出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。
其一是原数据中本身存在NA等情况,其二是原数据存在数据完全无变化,但pheatmap()函数中却选择了scale参数进行处理。例如其中一个基因(row)数值完全无变化,scale处理将产生NaN 之后外调hclust将无法成功
> A=c(1,1,1,1,1,1,1)
> scale(A)
[,1]
[1,] NaN
[2,] NaN
[3,] NaN
[4,] NaN
[5,] NaN
[6,] NaN
[7,] NaN
attr(,"scaled:center")
[1] 1
attr(,"scaled:scale")
[1] 0
> hclust(scale(A))
Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :
missing value where TRUE/FALSE needed
此时检查数据是否存在此类问题即可
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