NCBI检索叶绿体基因并快速下载
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。叶绿体基因组序列对于研究植物物种起源，进化演变及不同物种间的亲缘关系等具有重要意义。
上述研究中常用到的叶绿体基因有atpA、atpB、atpE、atpH、petB、psaA、psaB、psbD、psbE、psbF、rpl14、rpl16、rpl20、rpoB、rps11、rps14、rps18、rps19、rps2、rps3、rps4、rps8 等等。分析时可选用所有的基因，也可以只选用部分基因。
对于叶绿体基因序列，可以在NCBI上进行下载，在这里有些小技巧，可以帮我们节省大量时间和精力。本文就来介绍一个快速检索并下载基因序列的方法。
打开NCBI后，选择数据库并输入搜索条件，这里通常搜索的是和分析物种相近的物种，如隶属于同一个科或者属的物种，有时候还需要加上外类群物种。回车，就会检索出我们所需的基因。
有时候需要检索的物种很多，如果分别下载就会比较麻烦。其实在NCBI检索结果页面的检索框下方会有个不起眼的"send to"按钮，这是快速下载检索基因序列的关键。
这个send to 可以理解为保存检索结果，有很多种方法可以保存检索结果，比如用clipboard（暂时的），my NCBI collections（不限时的）。在检索结果的下面send to 中选择clipboard（类似于剪切板），选择后旁边就会多个clipboard的小标志。
点击Add to Clipboard，就会添加此次检索到的基因至Clipboard，并会显示Clipboard中有几条记录。之后可以继续搜索其它的基因添加到Clipboard中，然后一起下载所有基因序列。
点击上图Clipboard后的记录数，可以查看保存的基因信息。在下拉菜单中，还会看到File选项，选择File，可以将保存的基因信息下载成文本文件，如果一下子要下载好几千条，会需要比较久的时间。里面的保存格式有多种，比如FASTA、GFF3，可以根据后续处理数据的需要进行选择。
- 发表于 2018-05-18 08:52
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