SNP指纹图谱软件SNPT
SNP指纹图谱软件SNPT
高通量测序得到很多SNP，但是要找到用最少的SNP数据区分尽量多的样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting。这里介绍一个软件可以做这个事情：
SNPT下载地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt
这个软件可以做的分析：
- Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);
- Calculate allele frequencies;
- Find informative SNPs;
- Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);
- Find the set(s) of minimum SNPs;
- Output MST data file in mega and interleaved mega format.
输入的文件格式如下：列之间用tab分隔，第一列为样品，第一行为SNP在基因组上的位置信息；
Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319
ARK0000038 G C C G G A G T
ARK0000056 G C C G G A G T
ARK0000062 G C C G G A G T
ARK0000066 G C C G G A G T
ARK0000069 G C T G G A G T
...
软件下载：SNPT.zip
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- 发表于 2019-12-12 16:26
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- 分类：重测序
