SNP指纹图谱软件SNPT
SNP指纹图谱软件SNPT
高通量测序得到很多SNP，但是要找到用最少的SNP数据区分尽量多的样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting。这里介绍一个软件可以做这个事情：
SNPT下载地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt
这个软件可以做的分析：
- Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);
- Calculate allele frequencies;
- Find informative SNPs;
- Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);
- Find the set(s) of minimum SNPs;
- Output MST data file in mega and interleaved mega format.
输入的文件格式如下：列之间用tab分隔，第一列为样品，第一行为SNP在基因组上的位置信息；
Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319
ARK0000038 G C C G G A G T
ARK0000056 G C C G G A G T
ARK0000062 G C C G G A G T
ARK0000066 G C C G G A G T
ARK0000069 G C T G G A G T
...
软件下载：SNPT.zip
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读、
9.更多课程可点击：组学大讲堂视频课程
- 发表于 2019-12-12 16:26
- 阅读 ( 4170 )
- 分类：重测序
