linux生物信息软件安装管理工具conda使用
想做生物信息分析，在linux系统中分析，很多时候我们要分析一个内容会用到一个分析软件，那么开展这个分析的第一步就是要把这个软件安装到我们的linux系统中才可以分析，对于linux初学者而言，安装软件也不是那么容易的，所以初学者在第一步就放弃了，因为不懂linux的工作原理一旦安装报错就很难解决。那么在linux系统中有么有像360软件管家一样的工具，只要输入软件名然后自动安装呢？答案是有的那就是conda，有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了安装、调试、设置环境的烦恼。经常有安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。
conda简介
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
通俗的讲：conda相当于我们windows里面的360软件管家，想要那个软件点击安装就好了；
安装conda
conda分为anaconda和miniconda。anaconda里面会包含很多常用的和软件的版本（但是这里的常用不代表你常用），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。
Anaconda vs Miniconda vs Miniforge 区别：他们的核心都是包含conda这一工具，来实现 python 环境(environment) 和 包(package) 管理的，（其实conda不仅仅可以用来管理python，很多语言R, Java, C都支持）。
Anaconda 和 Miniconda 是一个公司的产品，商用是付费的，个人暂时免费；
Miniforge是由社区主导，用GitHub托管，完全免费。
Miniconda 和 Miniforge 是差不多的产物，mini代表着轻量化，
Anaconda是完整版，就略显臃肿，里面包括spyder、Jupter Notebook、Ananconda navigator等程序环境。
mamba加速神器，体验飞一般的感觉，已经做了解释，总结一下： mamba是用于管理环境的 CLI 工具。相比于 conda，mamba 是用 c++重写了 conda 的部分功能，运行效率显著提高，可以进行并行的下载，使用 rpm 包管理工具中的 libsolv，可以更快的解决环境依赖问题。mamba 的使用也比较简单，首先使用 conda 安装 mamba，后面所有用到 conda 的地方，都可以使用 mamba 替换即可。
安装：conda install mamba -c conda-forge mamba
优点：
- 自带多线程下载下载repository data和packages；
- mamba使用libsolv加速解决依赖关系 (安装过程中Solving environment:转圈圈的时间)；
- Mamba的核心部分是通过C++实现，以获得最大执行效率；
- 最重要的是Mamba可与conda完美兼容，学习成本极小 (将conda执行命令中的conda换做mamba即可)。
- 总而言之：mamba可完全替换conda，提高包的管理的效率，和包安装的成功率。
下载网址
选择适合自己的版本，用wget命令下载。
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这里选择的是latest-Linux版本，python3版本的miniconda，如果需要python2版本的可以选择其他的：
安装命令：
官方安装方法见：https://docs.anaconda.com/miniconda/install/#quick-command-line-install
根据自己的操作系统选择，我们以linux为例：
mkdir -p ~/miniconda3 #在自己家目录 建立文件夹 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh #下载miniconda 安装文件 bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3 #执行安装，注意安装目录指定：~/miniconda3 rm ~/miniconda3/miniconda.sh #删除文件
安装完成之后目录结构：
设置conda
1.添加conda命令到环境变量PATH中：
echo 'export PATH=~/miniconda3/condabin:$PATH' >>~/.bashrc source ~/.bashrc #添加conda 生效
2.添加初始化conda环境：
conda init
3.conda环境加速，添加清华镜像，并设置默认不进入base环境：
下面的内容直接echo
echo '
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
auto_activate_base: false
' >~/.condarc
4.退出重新登录服务器设置生效；
利用conda安装生物信息软件
以下命令大家进入conda环境之后就可以运行安装了：
conda create -n myenv #创建软件环境，取名myenv 这个自定义 conda activate myenv #激活软件环境进入 #安装软件命令
conda install isoseq3
#如果不知道软件名字，以及版本可以搜索
conda search isoseq
#安装指定版本的软件
#conda install 软件名=版本号
conda install isoseq3=3.2.1
#查看已经安装的软件
conda list
#卸载已经安装的软件
conda remove isoseq3 #更新软件版本 conda update isoseq3 conda deactivate #退出环境
关于自定义环境的管理
#查看系统中已有的环境
conda info -e
conda env list
#删除某个环境(名为name的环境)
conda remove -n name --all
conda 批量安装软件： 可以添加 -y 选项，不需要手动确认直接安装，可以以将下面的代码存储到一格sh文件中，批量运行安装；
conda install -y Kallisto
conda install -y FastQC
conda install -y Picard
conda install -y Flexbar
conda install -y Regtools
如果使用的组学大讲堂云服务器，可以参考这里设置，miniconda已经安装：https://www.omicsclass.com/article/2614
操作演示见课程：linux系统使用
生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精通- 发表于 2020-01-15 10:47
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- 分类：linux
