若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。
首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置
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若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。
首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置
例： 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列
之后如果是sam文件,先转成bam文件：
samtools view -Sb reads.sam > reads.bam
然后就可以使用bedtools来提取reads啦，命令如下：
bedtools intersect -a reads.bam -b region.bed > target_reads.bam
转换成fastq：
samtools fastq -1 r1.fq.gz -2 r2.fq.gz target_reads.bam
