相关软件:ColinearScan、Python、BioPerl、BLAST
分析流程:
1、下载人类、猕猴、树鼩(参考物种)基因组数据,利用Python语言对基因组数据进行处理。
2、利用BLAST进行序列比对,或者基因组之间的同源信息。
3、利用强大的ColinearScan共线性分析软件获取共线性区段。
4、利用Bioperl计算Ka/Ks值。
5、利用Python强大的第三方库matplotlib 进行可视化展示。
(华北理工大学生命科学学院生物信息学-李高杰)
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