使用 Dockerfile 定制镜像

从刚才的 docker commit 的学习中，我们可以了解到，镜像的定制实际上就是定制每一层所添加的配置、文件。如果我们可以把每一层修改、安装、构建、操作的命令都写入一个脚本，用这个脚本来构建、定制镜像，那么之前提及的无法重复的问题、镜像构建透明性的问题、体积的问题就都会解决。这个脚本就是 Dockerfile。

Dockerfile 是一个文本文件，其内包含了一条条的 指令(Instruction)，每一条指令构建一层，因此每一条指令的内容，就是描述该层应当如何构建。

还以之前定制 centos7 镜像为例，这次我们使用 Dockerfile 来定制。

在一个空白目录中，建立一个文本文件，并命名为 Dockerfile：

$ mkdir mydocker
$ cd mydocker
$ touch Dockerfile

其内容为：

# Base image
FROM centos:centos7

################## METADATA ######################
LABEL base.image="centos:7" \
      version="1" \
      software="Biocontainers base Image" \
      software.version="20200312" \
      about.summary="Base image for omicsclass" \
      about.home="www.omicsclass.com" \
      about.documentation=" " \
      license="  " \
      about.tags="Genomics,Proteomics,Transcriptomics,General,Metabolomics"

################## MAINTAINER ######################
MAINTAINER huangls <huang2002003@qq.com>

#COPY Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh /tmp/miniconda.sh
#ENV LANG=C.UTF-8 LC_ALL=C.UTF-8
ENV PATH /biosoft/miniconda/bin:$PATH

RUN yum -y update && yum upgrade -y \
    && yum -y install  bzip2 openssl openssh-clients\
		cmake zlib  libpng libpng12 libtiff  libjpeg boost \
		wget   zip    which  less  tree \
    && yum clean all \
	&& mkdir -p  /biosoft/miniconda  \
	&& wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O /tmp/miniconda.sh \
    && bash /tmp/miniconda.sh -bfp /biosoft/miniconda \
    && rm -rf /tmp/miniconda.sh \
	&& ln -s /biosoft/miniconda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh  \
    && echo ". /biosoft/miniconda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc  \
	&& echo "alias e=\"less -S \"" >> ~/.bashrc \
	&& echo "alias ee=\"less -SN \"" >> ~/.bashrc \
	&& echo "alias l=\"ls -lhtr"\" >> ~/.bashrc \
	&& echo "alias ll=\"ls -lh\"" >> ~/.bashrc \
	&& echo "export PS1=\"\[\e[32m\][\[\e[35m\]\u\[\e[m\]@\[\e[36m\]\h \[\e[31m\] \t \w\[\e[32m\]]\[\e[36m\]#\[\e[m\]\"" >> ~/.bashrc \
	#&& conda config --add channels bioconda \
	#&& conda config --add channels conda-forge \
	#&& conda config --add channels genomedk \
	&& conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  \
	&& conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/  \
	&& conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mro/  \
	&& conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/  \
	&& conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/  \
	&& conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/  \
	&& conda config --set show_channel_urls yes \
	&& conda config --set ssl_verify no \
	&& conda clean --all --yes 
#RUN	conda update conda -y  && conda upgrade conda -y \
    
	 

VOLUME ["/work"]

# Overwrite this with 'CMD []' in a dependent Dockerfile
CMD ["/bin/bash"]

WORKDIR /work执行

执行得到镜像

$ docker build -t omicsclass/biocontainer-base:latest .
Sending build context to Docker daemon 2.048 kB
...

FROM 指定基础镜像

所谓定制镜像，那一定是以一个镜像为基础，在其上进行定制。就像我们之前运行了一个 nginx 镜像的容器，再进行修改一样，基础镜像是必须指定的。而 FROM 就是指定 基础镜像，因此一个 Dockerfile 中 FROM 是必备的指令，并且必须是第一条指令。

RUN 执行命令

RUN 指令是用来执行命令行命令的。由于命令行的强大能力，RUN 指令在定制镜像时是最常用的指令之一。其格式有两种：

• shell 格式：RUN <命令>，就像直接在命令行中输入的命令一样。刚才写的 Dockerfile 中的 RUN 指令就是这种格式。
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