转录组数据挖掘的几个建议

如何挖掘数据?明确研究目的,实验方案设计,关注已知的结果,结合表型,进行突破

最近有不少的小伙伴,向我咨询,如何挖掘转录组标准分析之后的结果,我总结几条建议供大家参考

1. 明确研究目的

研究目的一定要明确:为了解决什么问题,采用了什么样的实验方案设计。

2. 基因型和表型
研究的目的是从基因型到表型的,你的数据反映的是基因的变化,如何跟表型相关联,需要多思考,查查文献

3. 筛选条件要灵活

很多人对差异分析的条件都坚定不移,Fold Change 必须有2倍的差异, FDR 必须小于0.01, 这样才能发文章。数据是死的,人是活的,要灵活变通。

4. 多关注既定的结果

转录组的分析结果很多,其中关键的就是差异基因,以及差异基因的功能富集。这个结果是最详细的,应该结合表型,多分析。如果这个结果没有研究清楚,请不要在去研究可变剪切,lncRNA等分析结果。


先写这些,点到为止,我将持续更新此文。



  • 发表于 2018-05-18 11:28
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  • 分类:转录组

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microRNA
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