基因家族复制基因查找之手动查找-blast
基因家族复制基因查找之手动查找-blast
什么样的基因组需要用手动方法：
基因家族扩张方法，有染色体加倍，大片段复制，串联重复，反转录转座等等；参考：
https://www.omicsclass.com/article/730
https://www.omicsclass.com/question/1
查找大片段复制，串联重复反转录转座可以用mcscanX和MCScanX-transposed 分析；
但是这种通过共线性的方法查找需要基因组组装到染色体水平，没有组装到染色体水平的基因组无法用上述方法，那就只能用blast手动方法查找，但是只能分析出串联重复基因，无法判断大片段复制或者转座基因。
blast查找方法：
可以用blast方法。在我们课程当中是根据基因之间的同源比对来分析的；
串联重复基因判断条件：
1，两个基因相似度大于75%
2，比对长度大于75%（相对于较长的基因）
3，基因在同一条染色体且距离小于100kb
参考文献如下：
https://link.springer.com/article/10.1007/s00425-016-2575-6
blast手动查找方法与通过共线性方法查找的结果会有差别，这个需要自行取舍。
- 发表于 2020-03-21 13:35
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- 分类：基因家族分析
