5分钟看懂KEGG代谢通路图
做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。
KEGG Pathway分类
一般，KEGG中存在三大类代谢图，每个数据路的pathway都有相应的唯一编号，如map00010，据此可在kegg数据库官网查询：
第一类、reference pathway：根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。通路图中的小框都是白色，方便个性化填充颜色，在KEGG中名字以map开头，节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，比如map00010；
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010
第二类、species-specific pathway：物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如人的糖酵解通路图，hsa00010。
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010
第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway：ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。
例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010
图中的符号的解释：
代谢通路图中，
一般就是酶，方框里面的数字代表EC编号；
小圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。
具体官方解释如下（附链接）：http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html
翻译结果（来自网络仅供参考）：
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- 发表于 2018-04-20 21:41
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- 分类：转录组
