将进化树+基因结构+motif—1张图全显示
MEGA可以基于序列构建进化树，并显示进化树。借助GSDS可以把基因结构和进化树合并显示。MEME可以分析蛋白序列motif，获得的结果文件中就能显示motif结果，但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。
如何将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示，而不是利用PS去拼图？试了很多软件也没看到好用的？其实你用TBtools就可以了！
文件准备
下载最新版本的TBtools：https://github.com/CJ-Chen/TBtools
MEGA构建进化树的结果文件：nwk文件，提供进化树信息
相关基因的gff3文件或者gtf文件：提供这些基因的结构信息
MEME分析结果文件：meme.xml，提供对应基因蛋白序列的motif结构信息
导入数据与设置
打开软件，点击上方Others——BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 进入数据导入界面（见下图A）。绘制三图合一，只需要输入三个文件即可，分别对应nwk文件、gff3（gtf）文件和meme.xml文件，其他输入数据空置不动即可（见下图B）。
而在数据导入之后，进行基础设置，包括显示颜色渐变、进化树bootstrap、图片大小等等进行选择。之后点击开始即可。
细节调整与文件保存
执行上一步数据导入和设置之后，可以获得初始结果（如下图），图片中各部分的位置大小等需要相应的调整。
空间位置大小调节：单击选中对应的部分，譬如基因结构区域，之后长按此区域，进行左右拖动，并拖拽选定框红色位置进行整体大小调整（如下图A），其他区域的调整类似，例如调整之后可以获得下图B结果。
文本设置：文本部分右击，可以进行颜色修改等（见下图A）,譬如修改填充颜色与文字颜色（见下图B）,不过，从并未找到相应的文字大小调整的设置。
文件保存：选中界面下方Save Graph即可，之后在跳转窗口中选中保存格式即可。
其他
TBtools在结合基因结构和motif可视化方面操作非常简单，图片也相当漂亮。不过显示图片的图例顺序调整和文字调整方面还有一些困难，这些操作可能需要结合Ai等进行调整。如此可以获得一张合适的进化树、基因结构与motif结合的图片。值得期待的是TBtools的更新比较快，很多设置都在优化中，大家可以自己去试试哦。
好了就是这些。
- 发表于 2020-05-25 14:55
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- 分类：科研作图
