IGV是什么

   Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如转录组测序Reads与参考基因组序列比对结果，物种参考基因组序列和注释文件，都可使用IGV进行可视化浏览。 它支持各种数据类型，包括基于芯片测序、二代测序和基因组注释数据等。

IGV如何使用

一.  下载安装IGV

1.首先确保系统中已经安装好 Java JDK；正确配置好环境变量;

        Java JDK下载地址：https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html

        环境变量配置帮助：https://www.omicsclass.com/article/298

2.下载安装IGV，打开网址：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download

        找到Windows版本，点击下载

        下载完成

        点击安装

        安装完成，点开会先出现命令界面，再等一下会出现可视化界面。

二.  加载参考基因组

1.可以先点开上图红色框中的more选项，会出现软件自带的基因组，如果有需要的版本，直接点击下载即可。注意选择和测序数据一致的基因组，否则可能出错。

2.如果里面没有需要的基因组，可以自己构建基因组信息

    下面以水稻基因组为例介绍如何使用：

        首先点击Genomes选项，选择Create .genome.File

        打开之后，按照下图填写对应的信息

        注意：原始的fasta文件要经过samtools工具处理建立一个后缀为.fai的文件（方法参考：https://www.omicsclass.com/article/1169）。并且这个.fai文件要和.fa文件在同一目录下。

        添加完成后界面如图

三. 加载GFF注释文件

由于GFF文件很大，需要排序以及建立索引之后才能导入IGV：

1.用igvtools对gff文件进行排序,得到这个文件

        首先点击tools选项中的Run igvtools

        选择sort命令,输入文件为gff文件

        然后对已排序的gff文件建立索引

        

        运行之后会得到一个.idx文件

        最后点击File选项，选择第一个load from file添加排序的文件和索引的文件

        添加之后，结果如图：

        可右击track区选择Expanded更换详细显示模式

        软件可选择基因集对指定基因进行可视化:点击Regions选项，选择Gene List，也可通过My lists 导入自己的基因集 

四. 转录组比对bam文件查看

1.对bam文件构建索引：选择Tools选项，点击Run igvtools，选择index命令，选择bam文件

2.建立完索引后，点击File选项，选择第一个load from file添加bam文件，点击打开

3.打开之后，可利用标尺显示位置，跳到指定的染色体位置，调节大小，查看具体信息。如果选择的区域过大，会显示zoom in to see coverage

4.可点击 View选项下的 Preferences ，找到Alignments设置相关参数

5.右击 Track 区进行 Color alignments by 的设置，在no color的情况下，alignments 只有亮灰和白色两种长条，其中白色的比对质量为零 ; 还可通过Sort alignments by 对Track区域进行排序（若要返回最初结果则选择 Re-pack alignments ）以及Group alignments by对Track区域进行分组

6. 如果发现存在与参考序列不同的碱基，会用不同的颜色标注出来，同一碱基颜色深浅表示碱基的质量，透明度越高说明检测的碱基质量越低，越不可信

        若发现存在与参考序列不同的碱基，软件会用不同的颜色标注出来，同一碱基颜色深浅表示碱基的质量，透明度越高说明检测的碱基质量越低，越不可信；插入片段用紫色的 I 或红色的 I （当插入的碱基数多余预设的阀值时）表示， 缺失用黑条表示

 

五. 重测序数据可视化

注意选择和测序数据一致的基因组，bam文件加载同上转录组方法，加载结果如下：

重测序变异结果查看：

1. 先用igvtools对vcf文件建立索引：选择Tools选项下的Run igvtools，选择index命令，选择vcf 文件建立索引。

2. 建立索引之后，点击File选项下的load from file 找到 vcf 文件打开，注意索引文件和vcf文件在同一目录下。

      

      打开之后：

其他使用帮助：

http://www.broadinstitute.org/igv/book/export/html/6

http://www.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide

更多生物信息分析课程：https://study.omicsclass.com/