PlantPAN数据库

植物启动子分析浏览器（PlantPAN; http://plantpan.itps.ncku.edu.tw）是针对植物基因预测调节原件和重建转录调节网络的有效资源。 PlantPAN3.0 的首页，包含六个模块，分别...

植物启动子分析浏览器（PlantPAN; http://plantpan.itps.ncku.edu.tw）是针对植物基因预测调节原件和重建转录调节网络的有效资源。

PlantPAN3.0 的首页，包含六个模块，分别是基因搜索、转录因子/转录因子结合位点搜索、基因集分析、启动子分析、跨物种和 ChIP-seq 搜索。

启动子分析

点击Promoter analysis,进入的页面为单个基因启动子序列的分析页面，还可选择多个基因的启动子序列分析以及在PCBase中分析

步骤一：输入单个基因的启动子序列

步骤二：有两个选择：1）选择在PlantPAN中使用所有物种的启动子序列或者是自己勾选部分物种启动子序列；2）选择自己感兴趣的motif序列

步骤三：选择启动子其他元件

最后点击search即可

多个基因的启动子序列分析

1. 选择输入或上传要分析的FASTA文件。对于输入文件的大小以及上传文件的大小都有限制，分别为20kb和600kb。等待分析结果的时间与文件大小有关，文件越大，时间越长，最长等待时间为1小时。2. 选项同单个基因启动子分析3. 输入邮箱，分析完成后会结果直接发送到邮箱里

分析结果页面

1. 文件会用显示的符号及高亮标注Tandem Repeat 和 CPGisland（显示如下），可点击Download 下载分析结果

2. 分析结果详细如下：分为匹配搜索结果，CPG岛，串联重复，以及可视化选项。在匹配搜索结果中，可点击显示的转录因子矩阵文件ID，就会在上面文本中显示出来，ID 后有标注 CPG岛则说明这个位点与它重合了，点击ID，会出现更详细的信息。

3. Pattern Search Result 的内容会比较长，继续下拉会看到以下内容。点击最下方可视化下面的图片，进行可视化展示

点击图片后如下，勾选感兴趣的选项，下拉到底部，点击提交

会进入如下界面：会用不同符号显示勾选的转录因子位点，点击Download可下载图片。

目前只有在输入文本可下载可视化图片，对于多个基因的启动子序列分析的上传文件无法在网站上可视化，可以得到结果文件后在GSDS网站或使用TBtool进行可视化。

此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：

1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘

6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接：

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