awk筛选差异基因

命令行筛选差异基因

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ID  log2fc  FDR
gene1 1 0.001
gene2 -1 0.001
gene3 1 0.001
gene4 2 0.0001

筛选条件:log2fc的绝对值大于1,FDR<0.05

命令:

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt

$2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列,$3代表FDR,你的文件第几列是也是写$第几列


筛选差异基因存储到不同的文件
命令:

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"; up="up"; dw="dw";}{if(FNR==1) {print $0 >up; print $0 >dw;} else if ($3<0.05) {if ($2>=1) print $0 >up; else if($2<=-1) print $0 >dw;}}' de_gene.txt





  • 发表于 2018-05-24 18:03
  • 阅读 ( 4177 )
  • 分类:linux

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landy
landy

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