方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）
方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）
方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）
确定最佳环境因子组合之后，进行分解分析，
#P+Hb+eGFR
vpa <- varpart(otu, env['P'], env[c('Hb')],env[c('eGFR')],chisquare = FALSE)
vpa
plot(vpa, digits = 2, Xnames = c('P', 'Hb',"eGFR"), bg = c('blue', 'red',"orange"))
参数 chisquare = TRUE，执行 CCA 的变差分解；默认情况下 chisquare = FALSE，即执行 RDA 的变差分解
注：如果 varpart() 不支持 CCA，请更新 R 版本（如 R3.6 的 vegan）
分成两组（DOC 为一组，AP 和 AK为另一组）环境变量
cca_vp <- varpart(otu, env['DOC'], env[c('AP', 'AK')], chisquare = TRUE)
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- 发表于 2020-11-22 20:19
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- 分类：宏基因组
