WGCNA分析要求

WGCNA常见问题

WGCNA的分析要求,其实在WGCNA官网的FAQ中有介绍。我整理一些大家常问的问题,供大家参考:

1. 需要多少个样本?

    1.1 至少需要15个样本,推荐20个以上的样本。

    1.2 样本越少,网络的噪音就越大,样本越多,网络就更加的稳健。

2. 基因是否需要进行筛选?

    2.1  一般对表达量低,在样本间变化不大的基因过滤掉。 

    2.2 强烈不建议采用差异表达的基因进行WGCNA分析, 因为差异表达的基因,就是的样本失去了多样性。

3. RNA-seq 数据是否可以进行WGCNA分析?
     3.1 转录组的数据可以进行WGCNA的分析  。

     3.2  基因的表达量需要进行标准化才可以分析 。

4. WGCNA 的分析基础是什么?

    1. WGCNA的分析基础是基于表达矩阵,构建一个无尺度的网络,再基于网络的一些理论和算法进行分析。

    2. 分析结果的好坏,关键就看是否能构建好一个满足要求的无尺度网络。

 

 如果你的数据不满足分析要求,你采用WGCNA分析一下,也会出来一个结果,只有了解了WGCNA的分析基础和原理,才能知道分析出来的结果是否可靠。


如果您对WGCNA数据挖掘感兴趣,请学习我们的WGCNA相关课程:

WGCNA加权基因共表达网络分析


  • 发表于 2018-05-25 10:04
  • 阅读 ( 11690 )
  • 分类:转录组

4 条评论

请先 登录 后评论
microRNA
microRNA

115 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 351 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章