bugbase指定表型预测
Bugbase除了生成默认九种表型的预测文件，在本地运行还可以指定表型对样品进行预测
输入文件
1. 把想要预测的表型按照如下格式整理到一个文件夹下面，每个文件为一种表型，文件名称为想要预测的表型。这里把5种要预测的表型文件放在了costom_pathway目录下。
其中每个文件内容如下,一个KO ID占一行。
准备好文件之后，运行代码即可。
运行代码
1. 打开DOCKER虚拟机，进入镜像(注意：运行成功需要至少25G的内存，所以需要给docker更多的内存)
docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2
2.生成指定表型的预测文件（运行默认为16S数据）
make.user.table.r -i costom_pathway/
参数说明
-i 准备好指定表型的文件目录
运行成功后，目录下会出一个过程文件intermediates（红色）和需要的指定表行预测文件Custom_BugBase_Traits.txt（黄色）。
3.进行表型预测
run.bugbase.r -i table.from_txt_json.biom -m fastmap.txt -c loc -u costom_pathway/Custom_BugBase_Traits.txt -o cus_ko
参数说明
-i otu_table biom1.0格式文件(16S必须是用GREENGENE数据库注释)
-u 指定表型的预测文件
-m 样品信息表
-c 指定样品分组
-o 输出文件名称
-t 指定分类水平 1-7，默认门水平
-T 阈值 0-1，可指定过滤阈值
结果展示
和默认的预测结果一致，会出现四个文件，分别是标准化的OTU表、哪些OTU对表型有贡献、每种表型预测相对丰度图、阈值图片。
更多详细信息，请参见文献原文：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/133462v1
此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：https://study.omicsclass.com/index
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- 发表于 2020-12-14 12:00
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- 分类：宏基因组
