利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据
Demultiplexing and Trimming Adapters from Reads with q2-cutadapt
首先准备sample-metadata.tsv文件，样本的barcode 文件信息，这里以双端测序为例：
sample-id forward-barcodes reverse-barcodes
Lin027 GATCTGCA CTACGATG
Lin028 GATCTGCA GACATAGC
Lin029 GATCTGCA GATCTGCA
Lin032 GATCTGCA GCGTATGA
Lin033 GATCTGCA GTATGCGA
准备测序数据，没有拆分的双端数据放到一个目录：muxed-pe-barcode-in-seq，分别命名为：forward.fastq.gz reverse.fastq.gz
数据导入：
qiime tools import --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence \
--input-path muxed-pe-barcode-in-seq \
--output-path multiplexed-seqs.qza
利用qiime cutadapt 插件拆分数据：
qiime cutadapt demux-paired --i-seqs multiplexed-seqs.qza \
--m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \
--m-reverse-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-reverse-barcodes-column reverse-barcodes \
--o-per-sample-sequences per_sample_sequences.qza \ --o-untrimmed-sequences untrimmed_sequences.qza
per_sample_sequences.qza 这个文件是拆分好的数据，并且已经去掉了barcode序列。
如果想去除引物可以使用：
qiime cutadapt trim-paired \
--i-demultiplexed-sequences per_sample_sequences.qza \
--p-cores 4 \
--p-no-indels \
--p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \
--p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT \
--o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza
参考：https://forum.qiime2.org/t/demultiplexing-and-trimming-adapters-from-reads-with-q2-cutadapt/2313
- 发表于 2020-12-23 11:09
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- 分类：宏基因组
