blast比对软件使用
一、下载
下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST
选择需要的版本进行安装即可
二、使用
1. 建库
makeblastdb -in genome.cds.fa -dbtype nucl -title genome.cds.fa #DNA序列makeblastdb -in genome.pep.fa -dbtype prot -title genome.pep.fa #蛋白质序列
说明：
-in：建库序列
-dbtype：数据库类型
以蛋白质序列为例，运行结果：
2 . 比对
blastall -i Aphidoidea.fa -d genome.cds.fa -p blastn -e 1e-10 -b 5 -v 5 -m 8 -o yachong.blast
说明：
-i：需要比对的文件的路径
-d：数据库的路径
-e：期望值，这一参数控制搜索的灵敏度
-b：设定输出文件中，最多显示多少个query-subject两两比对文本描述，默认值 为250
-v：设定输出文件中，匹配列表最多显示多少个subject，默认值为500
-m：设定搜索结果的显示格式，m参数的选项有12个(通常用-m8格式)
-o：输出文件的路径
-p : 可选择blast的方法：blastp,blastx,blastn
| -p | query | database | |
| blastn | 核酸 | 核酸 | |
| blastp | 蛋白质 | 蛋白质 | |
| blastx |
| 蛋白质 | |
| tblastn | 蛋白质 |
|
3.比对结果：
运行代码之后，会生成文件 yachong.blast，文件内容如下：
一共有12 列，分别代表：
1、Query id：查询序列ID标识
2、Subject id：比对上的目标序列ID标识
3、% identity：序列比对的一致性百分比
4、alignment length：符合比对的比对区域的长度
5、mismatches：比对区域的错配数
6、gap openings：比对区域的gap数目
7、q. start：比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点
8、q. end：比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点
9、s. start：比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点
10、s. end：比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点
11、e-value：比对结果的期望值
12、bit score：比对结果的bit score值
注意：结果会出现一条查询序列与多条目标序列相似的情况，挑选打分高即可（红色线条部分）；还会出现一条查询序列与同一条目标序列不同位置相似的情况（黄色线条部分）。
此外：
blast还有在线版：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
使用参考：https://www.omicsclass.com/article/1192
此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：
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4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘
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- 发表于 2021-02-22 14:29
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- 分类：软件工具
