网站:swiss-model https://swissmodel.expasy.org/interactive
原理:相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构
要求:找到与目标序列一致度≥30%已知结构作为模板
网站:iTASSER https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
原理:不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构。
补充说明:已知的蛋白质结构有十几万个,但其所具有的不同的结构拓扑只有1393个,也就是说,所有结构都落在这1393个拓扑内!因此,选择匹配能量最低的拓扑。
要求:没要求,比较任性。一般是不能同源建模(一致度<30%)的蛋白选用这个方法。
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