topGO分析结果说明
topGO分析结果说明
topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息，结合富集分析的结果，它可以画出如下所示的GO有向无环图。ontology指定GO的分类，GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立，所以GO其实分为3个子数据库，做富集分析时，不同类别分开做。
下图中5个方块表示有显著富集的GO term；通常我们会设置10个最显著富集的go term ，那么图中就会有10个方块；
KS全称是：Kolmogorov-Smirnov，KS值是通过KS检验所得，KS检验是一种算法。统计方法如下：
- 首先计算每个go节点对应的gene个数，
2. 如果某个节点的子节点也有gene比对上，那么父节点对应的gene个数也要加上子节点的基因数
3. 使用KS统计检验进行p值的计算，文件中的KS值，就是老师常说的p value，叫KS值的原因，是体现使用的KS检验方法。
- Annotated : number of genes in go.db which are annotated with the GO-term.
- Significant : number of genes belonging to your input which are annotated with the GO-term.
- Expected : show an estimate of the number of genes a node of size Annotated would have if the significant genes were to be randomly selected from the gene universe.
- 发表于 2021-04-29 11:20
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