cBioPortal介绍
使用cBioPortal数据库可以先阅读关于该数据库的文章：
- The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.
- Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.
大规模的癌症基因组计划，比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome consortium(ICGC)，正在从多技术平台产生更多的癌症基因组数据。这使得这些数据的整合，探索和分析越来越具有挑战性，尤其是对于没有计算机背景知识的科学家来说。cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛，因此，促进基因组数据向新的生物学视野，治疗和临床特征的转变。
cBioPortal这个网站，促进多维度癌症基因集数据的探索，可以允许跨基因，样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式，并比较点多癌症研究中基因改变频率，或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索，生存分析，基因改变间的相互独特性分析，可选择性的数据下载，编程接口和可以用于发表的可视化总结。
整合进cBioPortal的基因组数据类型包括体细胞突变，DNA copy-number alterations（CNAs），Mrna和microRNA(miRNA)表达，DNA甲基化，蛋白质富集，磷酸化蛋白富集。目前，网站包含从10个出版的癌症研究的数据集，包括癌症细胞系百科全书，多于20个研究在TCGA流程。对没有一个肿瘤样本，数据是可以从多基因组数据分析平台可获取的。网站的简化概念是在基因水平整合多种数据类型，然后询问每个sample中专门的生物学事件的呈现（例如，基因突变，基因纯和删除，基因扩增，上调或下调的mRNA或miRNA）,蛋白的上下调等。这使得用户可以查询每个gene和每个样本的的遗传学改变，并检验复发（某些特殊癌症）。
下面我们介绍该数据库的使用教程
主页面介绍
地址:http://www.cbioportal.org/
