CIBERSORT R代码分析
CIBERSORT R代码分析
在R语言中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。
（1）LM22.txt获取方法：
在Cibersort论文中（https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207）下载Supplementry table 1
LM22.txt获取方法
删除Sheet 1 中表头，只保留矩阵部分。得到如下矩阵，另存为制表符分割的txt（“LM22.txt”）
（2）自己的表达矩阵
第一列是基因名，第一行是样品名，不能有重复基因名，第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值，不要对表达量取Log2.
如果表达矩阵中基因不能完全覆盖LM22.txt中的基因，Cibersort同样可以正常运行，但不能少于LM22.txt中所需基因的一半。
表达矩阵保存为制表符分割的txt文本（“DATA.txt”）
表达矩阵示例
（3）Cibersort代码
在R中新建R Script，复制以下网址中代码，保存为“Cibersort.R”
https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R
（4）以上三个文件需保存在同一文件夹，运行Cibersort的代码如下：
setwd("三个文件的文件夹")
source('Cibersort.R')
result1 <- CIBERSORT('LM22.txt','DATA.txt', perm = 1000, QN = T) #perm置换次数=1000，QN分位数归一化=TRUE
在同一文件夹下可以得到运算结果（"CIBERSORT-Results.txt"）
注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件，建议在每一次运算之后对文件重命名。
- 发表于 2021-05-13 17:18
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- 分类：临床医学
