tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。
tcga_gene_exp_download.r 脚本帮助
使用方法：
usage: tcga_gene_exp_download.r [-h] -p project [-f files.per.chunk]
[-o outdir]
TCGA 基因表达数据下载及临床数据下载与整理，详细帮助见:https://www.omicsclass.com/article/1485
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-p project, --project project
input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more
project ID:https://www.omicsclass.com/article/1061
[required]
-f files.per.chunk, --files.per.chunk files.per.chunk
This will make the API method only download n
(files.per.chunk) files at a time. This may reduce the
download problems when the data size is too large
[default 10]
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
说明：
下载使用的R包为：TCGAbiolinks 长链非编码基因数据：gencodev22： https://gdc.cancer.gov/about-data/gdc-data-processing/gdc-reference-files
https://www.gencodegenes.org/human/release_22.html
使用命令示例：
Rscript tcga_gene_exp_download.r -p TCGA-STAD
结果展示：
- 临床数据
- 基因表达数据Counts
- 基因表达数据TPM
- 基因表达数据FPKM
注意：基因表达文件中的基因ID已经替换成gene symbol，重复的gene symbol 随机取一个作为代表；
样本信息文件：
基因ID对应信息文件：
- 发表于 2021-06-11 11:28
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- 分类：TCGA
