samtools之index

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令,其中有index用于建立索引,使之快速访问bam文件。

必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。

Usage: samtools index <in.bam> [out.index]

Options:
    -b    Generate BAI-format index for BAM files[default]

    samtools index -b xx.bam  建立索引后将产生后缀为.bai的文件

    -c    Generate CSI-format index for BAM files

    samtools index -c xx.bam  建立索引后将产生后缀为.csi的文件  

    -m    INT    Set minimum interval size for CSI indices to 2^INT [14]

    samtools index -c -m 10 xx.bam  建立索引后将产生后缀为.csi的文件,且m间隔值>2^INT



  • 发表于 2021-09-17 16:18
  • 阅读 ( 4997 )
  • 分类:其他

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
rzx
rzx

74 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 80 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章