samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令,其中有index用于建立索引,使之快速访问bam文件。
必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。
Usage: samtools index <in.bam> [out.index]
Options:
-b Generate BAI-format index for BAM files[default]
samtools index -b xx.bam 建立索引后将产生后缀为.bai的文件
-c Generate CSI-format index for BAM files
samtools index -c xx.bam 建立索引后将产生后缀为.csi的文件
-m INT Set minimum interval size for CSI indices to 2^INT [14]
samtools index -c -m 10 xx.bam 建立索引后将产生后缀为.csi的文件,且m间隔值>2^INT