绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图
ggplot2包绘制了展示基因在样本中表达量与数量的柱状图
使用方法:
Rscript lnc_exp.r -h
usage: lnc_exp.r [-h] -i exp_data [-l legend.position] [-o outdir] [-p prefix]
[-H height] [-W width]
lnc_exp_Histogram:https://www.omicsclass.com/article/1552
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i exp_data, --exp_data exp_data
input data file path[required]
-l legend.position, --legend.position legend.position
Sets the location of the
legend[none,left,right,bottom,top,or two-element
numeric vector][optional,default top]
-o outdir, --outdir outdir
output file directory[optional,default cwd]
-p prefix, --prefix prefix
out file name prefix[optional,default lncRNA]
-H height, --height height
the height of the heat map[optional,default 5]
-W width, --width width
the width of the heat map[optional,default 5]
参数说明：
-i 输入基因表达矩阵文件，建议输入标准化过后的表达数据
| #ID | S0-1 | S0-2 | S0-3 | S12-1 | S12-2 | S12-3 | T0-1 | T0-2 |
| XLOC_000173 | 0.249352 | 0.1533 | 0.499899 | 0.258562 | 0.174361 | 0.659209 | 0.647131 | 0.705749 |
| XLOC_000195 | 0.0500286 | 0.029918 | 0 | 0.0674263 | 0 | 0 | 0.0682668 | 0.0121699 |
| XLOC_000196 | 0.458015 | 0.938447 | 0.72592 | 0.28384 | 0.271833 | 0.316445 | 0.742948 | 0.744104 |
-l 指定图例的位置，可以设置成none,left,right,bottom,top,or two-element numeric vector
使用举例：
Rscript lnc_exp.r -i All_lnc_gene_fpkm.tsv -l top -p lnc_exp_Histogram
结果展示：
- 发表于 2021-09-17 17:08
- 阅读 ( 3422 )
- 分类：R
