在线工具TIMER的使用
在线工具TIMER功能及使用
TIMER（链接：https://cistrome.shinyapps.io/timer/）是用于肿瘤浸润性免疫细胞综合分析的在线工具，通过TIMER算法估计六种免疫浸润细胞（B细胞，CD4+T细胞，CD8+T细胞，中性粒细胞，巨噬细胞和树突状细胞）的丰度，其中：
Gene 模块探索基因表达 与免疫浸润丰度之间的相关性 ；
选择癌症类型，免疫细胞类型，输入基因symbol之后就可以进行分析
结果：
Survival 模块探索临床结果 与免疫浸润或基因表达丰度之间的关联 ；
Mutation 模块探索突变基因 与免疫浸润丰度之间的相关性 ；
SCNA 模块探索基因拷贝变异数与免疫浸润丰度之间相关性 ；
Diff Exp 模块探索 肿瘤与正常组织之间的差异基因表达；
Correlation 模块探索 基因之间的相关性 ；
Estimation 模块通过 TIMER 算法运行用户的私有样本。
- 发表于 2021-09-30 15:36
- 阅读 ( 1914 )
- 分类：软件工具
